‘영웅전설:새벽의 궤적M’은 ‘영웅전설:하늘의 궤적’ 전투 시스템인 오브먼트 시스템을 바탕으로 ‘제로의 궤적’과 ‘벽의 궤적’ 시리즈의 여러 가지 기능을 추가하여 완성한 쿼츠 조합 시스템을 탑재했다. 화, 수, 풍, 지, 시, 공, 환 7개 속성을 사용하여 캐릭터를 성장시키고 다양하게 조합하여 전투를 즐길 수 있는 시스템이다.
시리즈에서 처음으로 도입한 비행선 시스템은 기존 시리즈에서 교통수단이었던 비행선을 사용하여 자원을 탐색할 수 있도록 업그레이드한 시스템으로 비행선 레벨을 올리거나 여러 가지 자원을 획득할 수 있다. 이를 적극적으로 활용하면 자원 획득이 용이해져 게임에 더욱 몰입할 수 있게 된다.
